Con molta probabilità a Messina veniva già praticato il "calcio ginnico" alla fine del XIX secolo dalla Società Ginnastica Garibaldi. Si è tuttavia soliti indicare, come data di nascita del calcio a Messina, il primo dicembre 1900: giorno in cui venne fondato il Messina Football Club. Quasi tutti i soci fondatori erano inglesi, facevano eccezione quattro notabili messinesi.
Al vertice dell'organigramma societario figurava il presidente, l'inglese Walter F. Becker. Armatore navale, era il titolare della "Peirce, Becker & Ilardi", un'agenzia di navigazione con sede a Messina; nel 1899 aveva inoltre fondato la compagnia di navigazione "Peirce & Becker".
Vicepresidente era il console statunitense Charles M. Caughy; il segretario era Walter Oates (inglese, socio della fabbrica di derivati agrumari "W. Sanderson & Sons"); i consiglieri erano: Horace Gooding, W. May, Alfredo (o Adolfo) Marangolo, Giulio Arena Ainis, J. Giorgianni, G. Lovatelli. Soci onorari erano: William Robert Sanderson, Guglielmo Sarauw, George Oates, Herbert Hoates, Edward James Eaton, Eduard Jacob, Carlo Sarauw. Consigliere era anche F. L. Padgett, primo allenatore e capitano della squadra. E' probabile che tra le persone chiave della società figurassero anche i reverendi anglicani Charles B. Hulleatt e Caulfield.
La figura più rilevante era quella di Marangolo. Il giovane messinese era appena tornato da un lungo soggiorno a Londra; in Gran Bretagna aveva scoperto il neonato gioco del calcio, ed aveva portato con sè alcuni manuali con le regole del gioco, un pallone di cuoio, alcune scarpe, una divisa da arbitro ed una da gioco. Marangolo legò con la colonia inglese di Messina: molti dei cittadini d'oltremanica avevano già praticato il gioco del calcio, e ciò portò alla fondazione della nuova squadra.
Il primo incontro del Messina Football Club è datato 18 aprile 1901, organizzato da Alfredo Marangolo e disputato contro l'"Anglo Panormitan Athletic and Football Club" (l'attuale Palermo) fondato dall'amico Ignazio Majo Pagano, con il quale era emigrato a Londra. L'incontro finì 3-2 per i palermitani; la formazione scesa in campo era la seguente: Gooding, Pappin, Padgett, Way, Caulfield, Oates, Arena, Vaccaro, Greco, Falorsi, Crisafulli.
I colori sociali del Messina F.C. erano differenti dagli attuali: le maglie erano infatti di colore bianco e blu. Così riportò infatti il Giornale di Sicilia nella cronaca dell'incontro contro il Palermo:
"I rappresentanti del Club Messina [...] vestivano un elegantissimo costume in maglia bleu con calzoni bianchi, gambali di legno e berretto bleu e bianco." (F. Rosso su il Giornale di Sicilia, 19 aprile 1901.
Nel luglio 1901 fu nominato presidente il neo console inglese di Messina, Arthur Barret Lascelles, il quale pertanto succedette a Walter Becker.
In questo periodo fu svolta attività in ambito locale. Ad esempio nel 1902 furono organizzati due incontri contro gli equipaggi di alcune navi attraccate nel porto di Messina: il primo fu vinto dal Messina per 2-1 contro l'equipaggio dello Yacht Hohenzollern di Guglielmo II di Germania; il secondo fu perso dai siciliani per 5-1 contro i marinai inglesi del Royal Steamer Aurani.
Nel 1905 nacque la Whitaker Challenge Cup, disputata contro il Palermo; le fonti sono discordanti: alcune attribuiscono la vittoria al Messina per 1-0, altre per 3-2. I messinesi bissarono il successo anche nel 1906, vincendo contro i palermitani per 2-1. La Whitaker Challenge Cup non fu disputata nel 1907, ma tornò ad essere giocata - per l'ultima volta nella storia - il 15 febbraio 1908: vinse il Palermo 3-0, nell'incontro disputato presso lo spiazzale di San Raineri.
Il terremoto del 1908 causò la morte di numerosi giocatori della squadra; l'attività riprese solamente nel giugno 1909, grazie ai fondi dell'inglese Arthur Barret Lascelles ed all'aiuto dei marinai presenti in città, alcuni di essi giocatori di Venezia, Gorizia e Triestina. Nel 1910 la squadra prese parte alla seconda edizione della Coppa Lipton, perdendo però sia contro il Naples sia contro il Palermo; la stagione proseguì a livello locale. Lentamente la disponibilità economica di Barrett andò diminuendo sempre di più; la società si sciolse ed i giocatori confluirono nella Società Ginnastica Garibaldi (che aveva inglobato in precedenza anche la Societa' Sportiva Umberto I), capitanata da Nazzareno Allegra.
Era una polisportiva fondata ben prima del 1910; tuttavia la sezione calcistica nacque proprio in quell'anno, inglobando la S.S. Umberto I e il Messina Football Club. La divisa della Ginnastica Garibaldi era di colore rosso. Nel 1911 vennero disputate partite esclusivamente in ambito locale; l'anno successivo la Garibaldi disputò la Coppa Lipton a Palermo, dove perse contro i locali per 3-1. Nel 1913 la squadra vinse la Coppa Agordad a Catania e la Coppa Restuccia a Messina. Inevitabilmente, con l'inizio della Prima guerra mondiale la Garibaldi si sciolse.
La storia del Messina riprese ufficialmente il 10 novembre 1919 alle 16:30, data ufficiale della fondazione dell'Unione Sportiva Messinese. Nello stesso anno la squadra arrivò seconda nella Coppa Maggiacomo, e nel 1920 perse la finale della Coppa Federale Siciliana contro il Palermo; nel 1921 l'U.S. Messinese si aggiudicò la Coppa Sant'Agata. Nella stagione 1921-1922 la squadra si piazzò al terzo posto in Prima Divisione Lega Sud. L'U.S. Messinese vestì per la prima volta una maglia 'biancoscudata'. Infatti la Difesa Marittima dono' al presidente Allegra dodici giacche da marinaio di colore bianco, sulle quali fu poi applicato un colletto di colore nero e lo stemma della città. Tra i giocatori più rappresentativi della squadra vi erano Nazzareno Allegra, Alfredo Lucchesi e Giovanni Stracuzzi. Dopo tre anni dalla fondazione dell'U.S. Messinese, si avvertì l'esigenza di contrastare lo strapotere calcistico in Sicilia del Palermo; si decise pertanto di riunire più squadre in un'unica società. Nacque così il Messina Football Club, dalla fusione tra U.S. Messinese-Umberto I (nata dalla fusione delle due squadre) e Messina Sporting Club.
Il 28 novembre 1922, presso il Bar Irrera di Messina, nacque ufficialmente il Messina Football Club. La nuova società assumeva pertanto la medesima denominazione della storica squadra fondata il primo dicembre 1900, rimasta in vita fino al 1910. Primo presidente fu Augusto Salvato, già portiere della Ginnastica Garibaldi. Anche il nuovo Messina F.C. vestiva in maglia bianconera. La squadra affrontò il campionato di Prima Divisione 1922-1923, chiudendo al primo posto in classifica. Tuttavia il campionato fu annullato per irregolarità negli accordi fra le società nella definizione del calendario ufficiale; la Lega Sud ne dispose la ripetizione, obbligando le squadre a giocare un girone di sola andata e partite in campo neutro. Nella ripetizione, il Messina chiuse al secondo posto dietro la Libertas di Palermo. Stesso piazzamento anche nella Prima Divisione 1923-1924, stavolta alle spalle del Palermo. Il Messina Football Club si sciolse definitivamente nel dicembre 1924, dopo sole due stagioni.
Dopo lo scioglimento del Messina F.C., gran parte del parco giocatori della squadra confluì nell'Unione Sportiva Messinese. Una società denominata allo stesso modo era esistita tra il novembre 1919 ed il novembre 1922. La nuova U.S. Messinese era rinata già nel 1923. La squadra disputò la Prima Divisione 1924-1925, chiudendo al primo posto nel campionato regionale, ed al quarto posto nel girone B delle semifinali di Lega. Al termine della stagione successiva l'U.S. Messinese retrocesse in Seconda Divisione, dove rimase fino al 1927-1928. Nel 1928 la società mutò nome in 'Associazione Calcio Messina'.
L'Associazione Calcio Messina nacque ufficialmente nell'autunno 1928, in seguito alla lunga crisi dirigenziale in seno all'U.S. Messinese. Presidente era Augusto Salvato, già ai vertici del Messina F.C.; ricopriva il doppio incarico di allenatore-giocatore il messinese Giovanni Panosetti. La divisa di gara era di colore bianco, bordata con i colori della città: rosso e giallo oro. L'A.C. Messina rimase in vita fino al 1941; riuscì a conquistare la Serie B al termine della Prima Divisione 1931-1932. La squadra mantenne la categoria per sei stagioni consecutive, dal 1932-1933 fino alla retrocessione del 1937-1938. Disputò poi due campionati in Serie C, ma dopo solamente due giornate della Serie C 1940-1941 si ritirò; la società sparì dal panorama calcistico, riapparendo brevemente nel 1946.
Dopo la scomparsa dell'A.C. Messina, il calcio messinese fu rappresentato dall'Unione Sportiva Tenente Mario Passamonte. La società, fondata ufficialmente il 7 aprile 1941, venne intitolata a Mario Passamonte, eroe di guerra morto in Africa ed ex giocatore dell'U.S. Peloro (storica formazione messinese nata già nel 1906). La squadra non venne ammessa alla Serie C 1941-1942, ma prese parte alla Serie C 1942-1943, chiudendo al quinto posto nel girone N. Tra il 1943 ed il 1945 fu svolta solo attività a livello locale, a causa delle vicende belliche. Nel 1945 la Passamonte si fuse con la S.S. Lega Arsenale (nata nel 1944) e con l'U.S. Peloro, dando vita all'Associazione Sportiva Messina.
L'Associazione Sportiva Messina nacque pertanto nel 1945 dalla fusione di tre squadre (Peloro, Arsenale, Passamonte); presieduta da Vincenzo Nicotra, venne ammessa in Serie C 1945-1946, chiudendo al sesto posto nel girone F della Lega Centro-Sud, non riuscendo a centrare l'accesso al girone finale. Nel 1946 l'A.S. Messina si fuse con il Gazzi, dando vita alla nuova Associazione Calcio Messina.
L' Associazione Calcio Messina, già esistita dal 1928 al 1940, rinacque nel 1946 dalla fusione tra A.S. Messina e A.C. Gazzi; quest'ultima era una società nata nel 1928. L'A.C. Messina disputò la Serie C 1946-1947, terminando la stagione al quinto posto nel girone finale della Lega Sud. Fu l'ultima occasione in cui si parlò di Associazione Calcio Messina: la società si fuse infatti con l'U.S. Giostra nel 1947, dando vita all'Associazioni Calcio Riunite Messina.
Alla Serie C 1946-1947 aveva preso parte, oltre all'A.C. Messina, anche l'Unione Sportiva Giostra. Quest'ultima era una società nata nei primi anni dieci con la denominazione 'Società Sportiva Aurora Giostra'; nel corso degli anni venti e trenta disputò più volte la Terza Divisione. Nel 1945-1946 vinse il campionato di Prima Divisione, venendo promossa in Serie C; il Giostra riuscì ad arrivare alle finali della Lega Interregionale Sud di C, chiudendo al quarto posto. Nel 1947 l'opinione pubblica messinese spinse per la creazione di un'unica realtà calcistica cittadina ad alto livello; spinti da progetti ambiziosi, i dirigenti del Giostra e dell'A.C. Messina avviarono le trattative per mettere in atto la fusione. Dopo una lunga serie di discussioni sulle modalità di fusione e sulla denominazione da adottare, si giunse alla definitiva determinazione: Associazione Calcio Riunite Messina. Nella prima stagione disputata (1947-1948) l'A.C.R. Messina chiuse al settimo posto con 37 punti nel girone T della serie C, venendo però ripescata grazie al 'Caso Napoli'. L'anno successivo, sotto la presidenza del Marchese Carlo Stagno d'Alcontres, si classificò quarta con 40 punti nel girone D della nuova Serie C. Nel 1949-1950 arrivò la promozione in Serie B, dopo uno spareggio con il Cosenza. L'A.C.R. Messina mantenne la Serie B consecutivamente dalla stagione 1950-1951 alla stagione 1962-1963, al termine della quale centrò la prima storica promozione in Serie A.
Il Messina esordì in Serie A con una sconfitta per 3-1 contro la Sampdoria. La prima rete in Serie A venne segnata da Paolo Morelli. L'esordio casalingo avvenne il 25 settembre 1963, e fu subito vittorioso: il Messina sconfisse 2-0 il Lanerossi Vicenza grazie a una doppietta di Marcelo Pagani. Tuttavia al termine del girone d'andata la squadra figurava all'ultimo posto in classifica, con otto punti. Nel mercato di novembre, per far fronte al brutto inizio di campionato, il Messina prese in prestito dal Milan il peruviano Victor Benitez. In rosa figuravano giocatori di spessore come Egidio Morbello, Gianvito Geotti, Paolo Morelli, Roberto Derlin. Grazie ad un eccellente girone di ritorno in cui conquistò 20 punti (frutto di 7 vittorie, 6 pareggi e 4 sconfitte), il Messina centrò la salvezza all'ultima giornata grazie al pareggio per 0-0 contro il Modena. La seconda stagione in serie A culminò con la retrocessione, frutto del penultimo posto in classifica. Da allora il Messina ebbe una parabola discendente, che vide la squadra retrocedere in Serie C dopo soli tre anni di cadetteria e, dopo la Serie C 1972-1973, in Serie D.
La prima esperienza in Serie D del Messina terminò con la risalita in Serie C, grazie anche ai 22 gol del bomber Lando Bertagna. Tuttavia saranno solo tre i campionati di Serie C disputati dal Messina, prima di ripiombare ancora in Serie D.
Nella Serie D 1977-1978 i messinesi chiusero al sesto posto nel girone I, venendo ammessi alla nuova Serie C2. La squadra rimarrà in C2 per 5 stagioni, rischiando anche la retrocessione nella stagione 1980-1981. La promozione arrivò al termine della stagione 1982-1983, quando i giallorossi guidati da Alfredo Ballarò conclusero il campionato con un punto di vantaggio sull'Akragas. Nella stagione 1983-1984 i giallorossi, con Michelangelo Alfano presidente, ottennero la salvezza, mettendo le basi per le future vittorie sotto la proprietà della famiglia Massimino.
Salvatore Massimino divenne infatti presidente dell'A.C.R. Messina nel 1984-1985. La squadra era allenata da Franco Scoglio e in rosa figuravano calciatori di grande talento come Schillaci, Caccia, Napoli e Catalano. Quell'anno il Messina si classificò al terzo posto, tre punti dietro Catanzaro e Palermo.
La promozione arrivò al termine della stagione seguente 1985-1986, dopo 18 anni dall'ultima apparizione in serie B. Il Messina si classificò al primo posto del girone B Serie C1. Quell'anno rimase memorabile anche la vittoria per 1-0 in Coppa Italia, in un Celeste stracolmo, contro la Roma vice-campione d'Europa (scesa in campo in formazione pressochè tipo), alla fine vincitrice della stessa competizione. Nel medesimo girone il Messina battè in casa anche il Bari, che militava in Serie A, ed eliminò tre squadre di Serie B: l'Ascoli (in quella stagione classificatosi primo in Serie B), il Campobasso ed il Catanzaro. Il Messina giunse agli ottavi di finale, miglior risultato di sempre nella storia giallorossa.
Alla vigilia della stagione 1986-87, l'ambiente giallorosso fu scosso in ritiro dalla notizia della squalifica per cinque anni di uno dei suoi uomini più rappresentativi, Franco Caccia, coinvolto nello scandalo del calcio italiano del 1986. L'organico fu rinforzato con l'acquisto di tre forti elementi di categoria: i centrocampisti Gobbo e Mossini, reduci dalla promozione in serie A conquistata col Brescia, ed il portiere Paleari. Quel Messina rimase famoso perchè andava in gol soprattutto su azione da 'palla inattiva' (termine coniato dal suo stesso allenatore Scoglio): tra i finalizzatori di questo sistema di gioco si distinse il terzino destro Nicola Napoli con 6 reti. La stagione fu inaspettatamente positiva, considerato che il Messina era una neopromossa in Serie B: la squadra si mantenne in zona promozione per tutto il campionato ed a sei giornate dalla fine aveva un calendario favorevole che faceva sognare ai tifosi la promozione in massima serie. Il Messina però nelle ultime sei partite ottenne soltanto quattro pareggi interni e due sconfitte esterne, arrivando settimo a tre punti dalla zona promozione.
Franco Scoglio ha allenato i Peloritani in tre diverse occasioni: nel 1974-1975, 1980-1981 e 1984-1988.
La stagione seguente vide un Messina rinnovato piazzarsi soltanto a metà classifica (dodicesimo), soprattutto a causa del pessimo andamento fuori casa, dove racimolò appena una vittoria e 3 pareggi su 19 incontri. Importante fu il contributo in fase realizzativa di Schillaci e Catalano, autori rispettivamente di 13 e 10 reti. A fine anno Franco Scoglio, già da tempo entrato in contrasto con il presidente Massimino che a suo dire non aveva intenzione di rafforzare la squadra per poter competere alla promozione in Serie A, lasciò la panchina, venendo sostituito da Zdenek Zeman. Fu ceduto anche il talentuoso fantasista Catalano, duramente contestato da una frangia di tifosi in una delle ultime partite casalinghe.
Nel campionato 1988-89 Zeman guido' la squadra ad una tranquilla ottava posizione finale. Come nella precedente stagione, all'ottimo andamento casalingo si contrappose un andamento esterno negativo, con soli 6 pareggi ottenuti in trasferta. Quel torneo vide l'esplosione di Schillaci, capocannoniere della serie B con 23 reti (a fine stagione ceduto alla Juventus) e la valorizzazione di Pierleoni, autore di 10 gol, che l'allenatore boemo trasformò da anonimo terzino a pericoloso esterno d'attacco.
Alla vigilia della stagione 1989-90 la squadra fu rivoluzionata ed arrivarono diversi giovani promettenti, tra i quali si distinsero soprattutto Igor Protti (autore di 12 reti), e Massimo Ficcadenti. Dopo essere sfumato l'arrivo di Galeone, il presidente Massimino affidò la panchina a Francesco Scorsa, considerato un ripiego dai tifosi, che già mugugnavano per la campagna acquisti che vedeva il solo Primo Berlinghieri unico nome già affermato tra le tante giovani promesse portate in giallorosso. L'avvio di stagione fu esplosivo quanto illusorio, sia in coppa che in campionato: in Coppa Italia vi furono la vittoria interna contro il Torino, considerata la squadra più forte ai nastri di partenza della serie B, e quella esterna, clamorosa, per 4-1 a Cesena, compagine che partecipava al campionato di Serie A; alla terza giornata di campionato il Messina era sorprendentemente primo in classifica, con due vittorie ed un pareggio. Tuttavia lo scoppiettante Messina estivo si sgonfiò presto: in campionato dopo alcune giornate si assestò nella zona medio-bassa della classifica ed a gennaio in Coppa Italia prese 6 gol a San Siro dal Milan; soltanto l'esperienza di Adriano Buffoni, subentrato a Scorsa riusci' a portare il Messina al 16.mo posto in campionato ed a raggiungere la salvazza dopo lo spareggio vinto 1-0 contro il Monza il 7 giugno 1990 allo stadio Adriatico di Pescara.
Nel campionato 1990-1991 la squadra fu puntellata con gente di esperienza e di categoria, quasi tutti con trascorsi da titolari in Serie A, come Beniamino Abate, De Trizio, Schiavi, Bonomi, Muro, Traini e Miranda. Il Messina, allenato da Giuseppe Materazzi, chiuse uno splendido girone di andata in piena zona promozione ed alla prima giornata del girone di ritorno sconfisse in casa il Verona (a fine stagione promosso), confermandosi al secondo posto in classifica a due punti dalla capolista Foggia. In seguito ad alcuni problemi dirigenziali, il primo marzo 1991 Maria Leone, moglie del presidente Salvatore Massimino, estromise ufficialmente il proprio marito dalla carica, divenendo la prima donna a ricorprire la carica di presidente della società messinese. Questo cambio dirigenziale coincise con un netto crollo della squadra che, sotto la guida dei subentrati Ruisi e Colomban, si salvò soltanto all'ultima giornata, chiudendo al nono posto di una classifica cortissima. Nella stagione 1991-1992 le redini dirigenziali furono prese dai figli di Salvatore Massimino, i quali annunciarono di puntare alla promozione ed intrapresero una dispendiosa campagna acquisti che portò in giallorosso, tra gli altri, Simoni e Dolcetti, l'anno precedente titolari in serie A con il retrocesso Pisa. Nonostante i propositi, l'organico del Messina si rivelò incredibilmente carente: mancava in rosa un buon terzino destro (nel ruolo si alternarono con scarsi risultati i giovani Vecchio e Lampugnani) e non c'era un valido attaccante da affiancare ad Igor Protti (le giovani punte Spinelli, Battistella e Domenico Cicconi si rivelarono inadeguate al campionato di serie B). Il Messina, guidato inizialmente da Colautti, ebbe un pessimo avvio di stagione (solo 3 pareggi nelle prime 7 partite). Un altrettanto negativo finale, sotto la guida del subentrato Veneranda (3 pareggi e 4 sconfitte nelle ultime 7 partite) sancì la clamorosa retrocessione del Messina. Nel 1992-1993 concluse la Serie C1 al 12.mo posto. Al vertice societario figuravano ancora la signora Maria Leone ed il figlio Giovanni Massimino. Nel 1993 l'ingente mole di debiti accumulati, e le inadempienze societarie nei confronti di COVISOC e Lega, portarono alla definitiva estromissione dell'A.C.R. Messina dai campionati professionistici: la squadra fu retrocessa in Eccellenza, e nel 1998 fallì definitivamente.
In seguito all'esclusione dai campionati professionistici dell'A.C.R. Messina, la scena calcistica messinese fu occupata da una nuova società: l'Associazione Sportiva Messina. L'A.S. Messina, nata nel 1993 e presieduta da Pietro La Malfa, fu ammessa per meriti sportivi al Campionato Nazionale Dilettanti 1993-1994; chiuse il campionato al terzo posto nel girone I. Contemporaneamente nel 1994 nasceva la nuova Unione Sportiva Peloro, dalla fusione tra il Villafranca con il Tremestieri. Una società con la stessa denominazione era esistita già a partire dal 1906, e nel 1945 aveva dato vita, insieme a S.S. Arsenale e U.S. Passamonte, all'A.S. Messina. Il calcio messinese si trovò pertanto ad essere rappresentato da due squadre: A.S. Messina e U.S. Peloro. Entrambe si troveranno a disputare lo stesso campionato nel 1996: le squadre presero infatti parte al Campionato Nazionale Dilettanti 1996-1997. L'A.S. Messina aveva in precedenza disputato due stagioni nella categoria, mentre l'U.S. Peloro aveva centrato la promozione dopo due stagioni disputate in Eccellenza Sicilia. Al termine della stagione 1996-1997 l'A.S. Messina retrocesse in Eccellenza, e l'U.S. Peloro chiuse al sesto posto. Dopo poco tempo l'A.S. Messina sparirà definitivamente, e l'U.S. Peloro diventerà la prima squadra cittadina.
Il 17 luglio 1997 l'U.S. Peloro mutò ufficialmente denominazione, e nacque il Football Club Messina Peloro, sotto la presidenza di Emanuele Aliotta.
Al termine del Campionato Nazionale Dilettanti 1997-1998 il Football Club Messina Peloro ottenne la promozione in Serie C2. La stagione seguente, perse la finale dei play-off allo Stadio Via del Mare di Lecce contro il Benevento. Il Messina fu promosso in Serie C1 nel 2000, come prima classificata della Serie C2 1999-2000.
Nella stagione 2000-2001 il neopromosso Messina allenato da Beruatto, sostituito a campionato in corso da Florimbi, si classificò al secondo posto, dietro solo al Palermo, dopo aver sciupato la possibilità della promozione all'ultima giornata, perdendo contro l'Avellino. Ai peloritani sarebbe bastato un pareggio, giacchè appaiati a pari punti in testa alla classifica coi rosanero ed avendo il vantaggio negli scontri diretti. Nei play off fu superato l'Ascoli in semifinale, mettendo il Messina di fronte al Catania nello spareggio per la promozione in cadetteria. Il derby di andata, disputato in terra etnea, terminò uno a uno. Al ritorno prevalse di misura il Messina, che dopo nove stagioni tornò in Serie B.
Nel campionato successivo, il Messina, allenato da Daniele Arrigoni, riesce a conquistare la salvezza solo all'ultima giornata, vincendo per due reti a uno sul campo di un Crotone già retrocesso. Il protagonista della stagione fu Denis Godeas, autore di quindici reti.
Nell'estate del 2002 la proprietà passa all'imprenditore Pietro Franza. Come nel campionato precedente, anche nella Serie B 2002-2003 i siciliani colgono la salvezza nelle ultime giornate, grazie anche al repentino cambio di guida tecnica, giacchè Francesco Oddo fu esonerato agli sgoccioli del campionato a vantaggio di Bruno Bolchi. Tuttavia, al termine del campionato, le retrocessioni in Serie C1 furono bloccate, eccezion fatta per il Cosenza, finanziariamente fallito.
Il riformato campionato 2003-2004 presenterà ben 24 formazioni ai nastri di partenza, tra le quali numerose squadre scudettate. Il Messina, allenato da Patania, dopo sette giornate si trova all'ultimo posto in classifica. In seguito a questo ruolino negativo, viene chiamato in panchina Bortolo Mutti, che riuscirà a scalare la classifica, fino ad arrivare in zona promozione. Il 5 giugno 2004, penultima giornata di campionato, il Messina conquista la Serie A, a distanza di 39 anni dall'ultima apparizione, vincendo al Celeste per tre reti a zero contro il Como già retrocesso. Importante contributo alla causa fu dato da Arturo Di Napoli ed Alessandro Parisi, autori rispettivamente di 19 e 14 reti in campionato.
Nuovamente in massima serie, il Messina si presentò ai nastri di partenza della nuova stagione con una squadra composta da molti degli artefici della promozione, tra cui Parisi, Di Napoli, Storari, Aronica. I nuovi acquisti sono Zampagna (ritornato in giallorosso dopo un anno in Umbria perchè riscattato alle buste a scapito della Ternana),il giapponese Yanagisawa presentato in grande stile all'Hotel Timeo di Taormina nell'estate del 2004, il brasiliano Rafael, Donati in prestito dal Milan, Zanchi, in prestito dalla Juventus, Nicola Amoruso, il serbo Iliev e il greco Eleftheropoulos. Il campionato si chiuse al 7.mo posto, con la squadra che sfiorò la qualificazione in Coppa Uefa; avrebbe la possibilità di disputare la Coppa Intertoto, ma il club non ottiene la licenza per parteciparvi. La stagione 2005-2006 non fu altrettanto positiva. La stagione iniziò con la richiesta di esclusione del Messina dalla Serie A da parte della F.I.G.C., a causa di problemi fiscali. Il Consiglio federale ratificò l'esclusione, su indicazione della COAVISOC. La società si appellò alla Camera di Conciliazione del CONI, la quale il 26 luglio 2005 confermò l'esclusione del Messina dalla Serie A. Due giorni dopo viene intanto stilato il tabellone della Coppa Italia, che viene stabilito essere immodificabile anche con la riammissione in Serie A delle squadre escluse. La società decide di ricorrere al TAR del Lazio, che il 2 agosto 2005 diede ragione ai siciliani, riammettendoli in massima serie; una settimana dopo il Consiglio di Stato confermò la decisione del TAR. Il campionato non ando' positivamente e il Messina retrocesse in Serie B in virtù del terzultimo posto finale. Tuttavia gli sviluppi dello scandalo di Calciopoli sconvolsero la classifica: Juventus retrocessa d'ufficio in Serie B, e riammissione in Serie A del Messina.
L'appuntamento con la Serie B fu però rimandato di una sola stagione: i giallorossi chiusero all'ultimo posto la Serie A 2006-2007.
La Serie B 2007-2008 si concluse con il 14.mo posto (pari punti con il Grosseto), ma l'estate 2008 vide la situazione societaria divenire insostenibile per i debiti accumulati.
La famiglia Franza annunciò l'intenzione di lasciare la proprietà del Messina e, coadiuvata dalle istituzioni messinesi, cercò nuovi acquirenti in grado di garantire l'iscrizione al campionato cadetto. Nessuno si accollò l'enorme mole di debiti accumulata, e il 14 luglio 2008 venne ufficialmente ritirata la domanda di iscrizione alla Serie B 2008-2009. La società non sparì, ma fu iscritta nel girone I della Serie D 2008-2009.
Il 27 novembre 2008 il Tribunale di Messina dichiarò fallito il Football Club Messina Peloro a causa delle gravi anomalie riscontrate dai magistrati nel bilancio del sodalizio messinese; alla squadra fu comunque garantita la regolare attività fino al termine della stagione.
Il 23 marzo 2009 la fallita 'F.C. Messina Peloro' venne rilevata all'asta fallimentare dalla A.C.R. Messina S.r.l., di proprietà del romano Alfredo Di Lullo. Nasce pertanto l'Associazione Calcio Rinascita Messina; il passaggio ufficiale avviene il 2 aprile 2009. e le figure chiave della nuova società diventano Arturo Di Mascio e Marcella Chierichella, oltre allo stesso Di Lullo. Nel frattempo la squadra riesce a mantenere la categoria, grazie al 12.mo posto nel girone I. Il piazzamento viene confermato anche nella stagione 2009-2010. Nonostante l'alto numero di fallimenti e le conseguenti rinunce ad iscriversi in Seconda Divisione 2010-2011 da parte di numerosi club, il Messina presieduto da Arturo Di Mascio rinuncia a presentare la domanda di iscrizione alla serie superiore. La proprietà decide inoltre di lasciare, e nell'agosto 2010 cede la società a Piero Santarelli. I problemi societari aumentano, con la squadra che nell'ottobre 2010 viene addirittura sfrattata dall'albergo in cui alloggiava dal 30 agosto, a causa del mancato pagamento di decine di migliaia di euro. Piero Santarelli non onorerà mai gli impegni societari assunti con la precedente proprietà, e pertanto nel novembre 2010 l'amministratore unico dell'A.C.R. Messina Marcella Chierichella, cede le quote societarie agli imprenditori Bruno Martorano e Vincenzo Principato. Il passaggio delle quote si complica quando si scopre che, a causa di un complesso iter giuridico, il presidente formale dell'A.C.R. Messina risulta essere ancora Santarelli. I tentativi di mediazione andati in scena nel dicembre 2010 risultano vani: Santarelli rifiuta anche di presentarsi ad un incontro con il nuovo acquirente Martorano e la precedente proprietà; Martorano stesso dichiarerà poi la propria volontà di rinunciare all'acquisto. La situazione si risolve finalmente il 4 gennaio 2011, giorno in cui si svolge un ennesimo incontro nella capitale tra le parti interessate e viene concretizzata, a fronte di un ulteriore esborso economico, la cessione della società al gruppo Martorano. Nel frattempo, in campionato, le prime due giornate vengono giocate dai ragazzi delle giovanili, successivamente viene organizzata una 'vera' squadra che successivamente, come forma di protesta per i problemi societari, decide di non scendere in campo per tre partite; il Messina viene così penalizzato di 3 punti (in totale saranno 4 per inadempienze economiche). L'acquisto formale della società da parte di Martorano avviene nel gennaio 2011; il Messina conclude il campionato al 7.mo posto nel girone I. Il 14 agosto 2011 il gruppo Martorano trasferisce le quote della società a Raffaele Manfredi. La guida dell'area tecnica della prima squadra viene affidata a Francesco La Rosa e come allenatore viene nominato Andrea Pensabene, poi esonerato e sostituito da Alessandro Bertoni. Col tecnico emiliano il Messina raggiunge il quarto posto del campionato di Serie D 2011-2012 (girone I), accedendo così ai play-off; dopo aver superato per 3-1 in trasferta la Battipagliese in semifinale, perde la finale contro il Cosenza per 3-0 allo Stadio San Vito. Il 12 giugno 2012 la società annuncia di aver ceduto il 100% delle quote al gruppo di Pietro Lo Monaco. Sotto la gestione Lo Monaco, con Gaetano Catalano come allenatore e Fabrizio Ferrigno come direttore sportivo, il Messina vince il campionato di Serie D (girone I) tornando nel calcio professionistico. Il 5 maggio 2013, dopo aver superato al San Filippo la Nissa per 8-1, la società viene ufficialmente promossa in Lega Pro Seconda Divisione, dopo cinque anni trascorsi in Serie D. Nel girone d'andata della stagione 2013-2014 in Lega Pro Seconda Divisione il Messina si trova presto nelle ultime posizioni, e ciò portò all'esonero del tecnico Gaetano Catalano nei primi giorni di dicembre del 2013 (dopo una sconfitta per 1-4 contro la Vigor Lamezia al San Filippo) sostituito da Gianluca Grassadonia, che porta la squadra fuori dalle zone basse della classifica piazzandola al primo posto del girone e conquistando la promozione in terza serie, che avverrà il 13 aprile 2014, sancita dalla vittoria in casa contro il Sorrento per 1-0. Per la società messinese è la seconda promozione consecutiva. Il 2 luglio 2014 la proprietà, principalmente nel nome di Pietro Lo Monaco, comunica il proprio disimpegno da qualsivoglia attività sportiva in seno alla squadra in polemica con il sindaco Renato Accorinti reo, secondo la società, di aver concesso lo stadio San Filippo a un'agenzia che organizza eventi musicali anzichè renderlo a godimento esclusivo della squadra. L'8 luglio 2014 il proprietario del Messina Pietro Lo Monaco rilascia un videomessaggio, dove dichiara che la proprietà dell'ACR Messina continuerà il lavoro svolto negli anni scorsi nonostante lo screzio con il Sindaco.
Il 19 dicembre 2013, il patron Pietro Lo Monaco alla presenza del notaio Nunzio Arrigo, del direttore generale Vincenzo Lo Monaco e dei responsabili dell'area comunicazione Alessandro Di Bella e Vittorio Fiumanò, ha posto la propria firma nell'atto che ridà alla società la propria denominazione naturale di Associazioni Calcio Riunite Messina. Nonostante anche alla Camera di Commercio la società figurasse con la denominazione Associazioni Calcio Riunite Messina, la squadra ha disputato il campionato di Lega Pro Seconda Divisione 2013-2014 con la denominazione Associazione Calcio Rinascita Messina, in quanto per la federazione il nome poteva essere cambiato solo a partire dalla stagione 2014-2015, mentre lo staff dirigenziale non è riuscito entro quella data ad acquisire il titolo.
A partire dalla stagione 2014-2015, il vecchio nome viene cambiato in Associazioni Calcio Riunite Messina. Il 30 maggio 2015 retrocede in Serie D dopo aver perso i play-out con la Reggina.
Il 9 luglio 2015 viene ufficializzata l'iscrizione in Serie D sul sito ufficiale della società giallorossa.
Il 7 agosto 2015 la società viene ceduta da Pietro Lo Monaco a un gruppo di imprenditori guidato da Natale Stracuzzi, che assume la carica di presidente. Successivamente, è stato nominato come nuovo allenatore Arturo Di Napoli.
Il 29 agosto 2015 il Messina viene riammesso in Lega Pro per sopperire ai vuoti creatisi a causa delle indagini sull'inchiesta Dirty Soccer.
La stagione 2015-2016 viene conclusa al 7.mo posto, garantendo la partecipazione alla Coppa Italia.
Il primo febbraio 2017, il presidente Natale Stracuzzi si dimette, al suo posto viene promosso il vice Piero Oliveri.
Il 18 febbraio 2017, la proprietà composta da Stracuzzi, Oliveri, Micali e dalla società Antares cede l'intero pacchetto azionario a Franco Proto. La cessione è incoraggiata dai forti malumori dei tifosi e dalla protesta dei calciatori che, guidati dal tecnico Lucarelli, sospendono gli allenamenti ed inscenano una protesta contro la proprietà per il mancato pagamento degli stipendi. Proto, ex presidente dell'Atletico Catania ed ex vice-presidente della Lega Pro, firma il contratto che lo rende nell'immediato amministratore unico e presidente del club, stilando con i soci uscenti un accordo che lo vincola a subentrare nel giro di qualche giorno in qualità di proprietario.
Il Messina ottiene la salvezza matematica il 7 maggio 2017, grazie al pareggio maturato con la Vibonese. Il 14 luglio successivo, a seguito della mancata presentazione della fideiussione relativa all'iscrizione al campionato di Serie C 2017-2018, viene esclusa automaticamente dalla competizione.
Il 25 luglio 2017, l'amministrazione comunale, ha affidato dopo l'unica manifestazione d'interesse arrivata a Palazzo Zanca, a Pietro Sciotto la composizione di una nuova società, per partecipare al campionato di Serie D 2017-2018. Il 26 luglio 2017, presso lo studio del notaio Pierangela Pitrone, nasce la nuova società, l'Associazione Calcio Rilancio Messina, i cui proprietari sono Pietro Sciotto (neo presidente) e il fratello Matteo. Il 4 agosto 2017, il sodalizio peloritano, viene ammesso in Serie D.
La stagione 2017-18 partita con grande entusiasmo da parte del Presidente Pietro Sciotto che promette alla tifoseria la serie B in tre anni, procura una grande delusione per una gestione sia tecnica che organizzativa inadeguata al ruolo che una grande città come Messina avrebbe meritato.
Dopo un inizio di campionato disastroso con soli tre punti nelle prime nove partite che hanno portato all'esonero dell'allenatore Venuto e all'ingaggio dell'allenatore Giacomo Modica, la squadra, rinforzata in alcuni reparti, comincia ad avere una sua fisionomia, vincendo quasi tutte le restanti partite in casa ma faticando fuori.
In breve tempo il Messina si porta fuori dalle sabbie mobili dei playout avvicinandosi, senza mai raggiungerli, ai playoff e concludendo il torneo al 6° posto.
La stagione 2018-19 sarebbe dovuta essere di riscatto da parte del Presidente Pietro Sciotto dopo l'esperienza negativa dell'annata precedente. Purtroppo la disorganizzazione della società sin dall'inizio fa già intravedere una nuova stagione di sofferenza. Non viene confermato l'allenatore Modica a cui non vengono date le dovute garanzie per un campionato di vertice e viene completamente smantellata la rosa dei calciatori. Si affida la squadra all'allenatore Giuseppe Raffaele, reduce da una esaltante stagione alla guida dell'Igea Virtus, e gli viene affidata una squadra completamente nuova con giocatori non scelti da lui. Raffaele conduce tutta la preparazione della squadra e le prime amichevoli ma, poco prima dell'inizio del campionato, in rotta con la società che non gli ha messo a disposizione una rosa competitiva, si defila non sottoscrivendo mai il suo contratto col Messina. Intanto fioccano i D.S. (Lamazza, Rappoccio, Grasso e Polenta) in pochi mesi.
Al suo posto arriva l'allenatore Pietro Infantino, vecchia conoscenza dei tifosi che non lo hanno mai apprezzato tecnicamente.
Infantino si accontenta di una squadra non competitiva per gli obiettivi di alta classifica e come prevedibile dopo sei partite racimola 4 punti e incassa una media di tre gol a partita, viene esonerato dopo cinque partite e al suo posto viene ingaggiato l'allenatore Oberdan Biagioni.
Le cose migliorano leggermente perchè, al di là di un gioco impacciato e mai piacevole, il nuovo allenatore riesce a creare un vero gruppo e conquista quei risultati utili a fare uscire la squadra dalla zona playout.
Continua comunque lo scontro tra la tifoseria e la società e poco prima della partita Acireale-Messina (persa per 1-0) il Presidente Pietro Sciotto annuncia le proprie dimissioni e il commissariamento della società. In realtà non fa quello che aveva annunciato ma nomina un CDA con a capo il proprio figlio Paolo. Questo CDA dovrebbe avere il compito di intavolare eventuali trattative per il passaggio di proprietà e comunque garantendo fino al termine del campionato.
La situazione peggiora ulteriormente perchè nel mese di Aprile, dopo un durissimo scontro tra l'allenatore Biagioni e il capo del CDA Paolo Sciotto (Biagioni difende i giocatori dalle accuse di Sciotto), la Società esonera l'allenatore e riporta in panchina Pietro Infantino. Come se non bastasse esonera anche il D.G. Lello Manfredi e il D.S. Torma e nomina come nuovo D.S. Fabrizio Ferrigno altra vecchia conoscenza dei tifosi, con il compito di programmare la prossima stagione.
Questi ultimi episodi certamente non fanno bene alla squadra che ripiomba nei playout perdendo in casa lo scontro diretto con la Sancataldese e dovendo poi raggiungere la salvezza vincendo fuori casa l'ultima partita di campionato.
A salvezza ottenuta viene presentata alla proprietà una proposta di acquisto della Società da parte dell'imprenditore Rocco Arena, amministratore del Consorzio Toro, una società di servizi, Presidente dell’Alicante, società di quarta serie spagnola, già sponsor del Messina ai tempi della serie A, di origini messinesi. La sua proposta non viene ritenuta idonea dalla proprietà e non se ne fa nulla.
Il Sindaco cerca di mediare per l'unificazione delle tre realtà calcistiche messinesi (ACR, Città e Camaro) col Camaro che annuncia di aver acquisito da Lo Monaco lo storico marchio ACR Messina. Come prevedibile il tentativo fallisce. La famiglia Sciotto comunica di avere raggiunto l'accordo con il Camaro per l'acquisizione dello storico marchio A.C.R. Messina.
Per costruire la squadra della sragione 2019-20 viene assunto come DS uno che da giocatore era stato una bandiera dei tifosi, Antonio Obbedio e come allenatore Michele Cazzarò. Già da subito però si intravedevano enormi difficoltà nel cercare di convincere giocatori validi a venire a Messina, di conseguenza viene assemblata una squadra mediocre e raffazzonata alla meno peggio. Le sensazioni presto diventano realtà e l'ACR Messina, come nei due anni precedenti, continua a mietere cattive figure su molti campi di periferia. Il Presidente non si smentisce e nel corso della stagione riesce a cambiare quattro allenatori (Cazzarò, Rando, Zeman, Pensabene) con un andirivieni di giocatori non all'altezza della situazione.
La squadra riesce a.... salvarsi grazie anche alla interruzione della serie D a causa della terribile pandemia del coronavirus che costringe gli organi federali a chiudere la stagione alla 26.ma giornata congelando la classifica maturata.
Per la stagione 2020/21 Pietro Sciotto fa uscire la sorpresa dal suo cilindro: si mette in viaggio verso Salerno (guarda caso dopo un colloquio amichevole con Pietro Lo Monaco) per incontrare i Sigg. Carmine Del Regno (titolare di alcuni supermercati di Salerno e Provincia e Amministratore del Gruppo Meda Carni, nel calcio prima come sponsor della Salernitana e poi Dirigente del Rieti calcio) ed Enzo Bove destinati a rilevare il 30% delle quote societarie dell'ACR Messina ma soprattutto perchè saranno i nuovi soci campani a riorganizzare la società per costruire una stagione vincente.
Sarà vero? Ai posteri l'ardua sentenza.
Da subito si ha l'impressione che la società voglia fare sul serio perchè viene affidata la squadra ad un DS degno di questo nome, Cocchino D'Eboli, grande conoscitore di calcio e aduso a stagioni vincenti.
Il nuovo Ds si mette subito al lavoro per costruire una squadra di calciatori abituati a vincere affidandoli ad un allenatore (Novelli) bravo a puntare su un blocco fisso di titolari senza trascurare di far sentire utile anche chi ha giocato poco e consapevole che i campionati si vincono oltre che con la bravura tecnica anche con la compattezza dello spogliatoio.
La stagione 2020/21 è stata particolarmente tribolata con continui rinvii di gare procurati dalla incombente pandemia, ma la squadra, ben condotta dal tecnico Novelli, ha saputo soffrire lottando fino alla fine della stagione e regalando ai tifosi (pur non potendo assistere alle partite per la pandemia non hanno mai fatto mancare il loro sostegno alla squadra appostandosi sempre sulla collinetta che sovrasta lo stadio San Filippo) il primo posto in classifica e la promozione in Serie C che mancava da quattro anni.
La prossima stagione di Serie C che l'ACR Messina si accinge a disputare vede ai nastri di partenza altre grandi squadre che hanno fatto la storia del calcio nazionale e che fanno sognare una stagione esaltante. Auguriamo al nuovo DS Argurio e al nuovo allenatore Sasà Sullo un buon lavoro.
Certo la presenza di Pietro Lo Monaco come Direttore Generale fa storcere il naso ai tifosi, ma sarà solo una parentesi.
Affidiamo alla penna di Davide Billa (Gazzetta del Sud) il compendio della stagione 2021-22:
"L'entusiasmo per il ritorno tra i professionisti viene smorzato dell'ennesima rivoluzione estiva: il presidente Pietro Sciotto cambia ancora, in panchina arriva l'indimenticato Salvatore Sullo e, con il grande capitano, si spera di poter proseguire con un'altra positiva annata.
Le prime uscite e la qualificazione in Coppa Italia fanno ben sperare, ma il campionato dice altro: Sullo resta otto giornate, dal pari 4-4 in casa della Paganese alla sconfitta interna con il Monterosi (1-3). Un magro bottino di 5 punti e una sola vittoria contro la Virtus Francavilla: una media di 0,6 punti ma soprattutto una squadra che fatica ad esprimersi e trovare una propria identità. Elementi, oltre una classifica deficitaria, che spingono la società all'esonero del tecnico.
A metà ottobre si cerca la scossa e il Messina sceglie Ezio Capuano, dal carattere forte, spesso eccessivo, ma più con l'esterno che con la squadra. Un rapporto mai sbocciato e i risultati ne sono la conseguenza. Dall'illusorio successo all'esordio a Potenza alla pesante sconfitta contro la Turris (5-0) 10 partite con appena 2 vittorie, 2 pareggi e ben 6 sconfitte. Otto punti (una media di 0,8) che peggiorano la situazione e incidono negativamente sulla fiducia della squadra, travolta dall'energia di un allenatore che, invece, avrebbe dovuto rianimarla.
Due mesi dopo il secondo cambio con quella che, da parentesi si trasforma in certezza: Ezio Raciti, promosso dalla primavera alla prima squadra. I 4 punti (Catania e Paganese) in quattro giorni, questa volta non restano un'illusione. Nonostante le ombre di possibili ritorni come Sullo e Novelli, mister Raciti conquista soprattutto la squadra, dà fiducia, coraggio e grinta. Il Messina inciampa ma si rialza, combatte e ha voglia. Ha creato un gruppo che si esalta fino al successo sul Taranto che sancisce la salvezza. Dopo 7 vittorie, 6 pari e 6 sconfitte (1,42 punti di media) il traguardo inseguito e sperato è stato raggiunto dal protagonista meno atteso che adesso resta in attesa di conoscere il futuro.
Superata la fase di stand-by, sarà tra le prime questioni da risolvere per programmare la prossima stagione."
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